Schiermonnikoog werkt samen met de andere Waddeneilanden: Texel,Vlieland, Terschelling, en Ameland. 

De eilandgemeenten hebben zich verenigd in de Gemeenschappelijke Regeling De Waddeneilanden 2018. Het algemene doel van deze samenwerking is: “Het versterken van de bestuurskracht van de afzonderlijke gemeenten door onomkeerbare, niet vrijblijvende en doelgerichte samenwerking met behoud van bestuurlijke zelfstandigheid”.

​Het Algemeen bestuur wordt gevormd door alle leden van de colleges van de eilanden en het Dagelijks bestuur door de vijf burgemeesters. Er worden jaarlijks themadagen georganiseerd voor collegeleden en voor raadsleden.

Het secretariaat van het samenwerkingsverband is gevestigd in het Waddenkantoor, in het pand van de gemeente Harlingen op de Waddenpromenade 1 te Harlingen.